متن پیام تسلیت رئیس جمهور منتخب به شرح زیر است:

بسم‌الله الرحمن الرحیم 

انالله و انا الیه راجعون

درگذشت عالم وارسته و فقیه انقلابی، حضرت آیت‌الله علی نکونام مایه اندوه و تاثر شد. آن مرحوم در طول حیات علمی پربار خود از محضر فقهای مبرز و علمای صاحب‌ضمیری بهره برد و خویشتن نیز شاگردان دانشمندی را تربیت نمود که باقیات صالحات ایشان به شمار می‌آید. اینجانب، این ضایعه اندوه‌بار را به حوزه‌های علمیه، اعضای محترم جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و عموم بازماندگان آن مرحوم تسلیت عرض می‌کنم. از درگاه خداوند متعال برای آن فقیه فقید علو درجات و رضوان الهی و برای بازماندگان و دوستداران ایشان، صبر و تسلی خاطر مسئلت می‌کنم. 

مسعود پزشکیان

رئیس‌جمهور منتخب