متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم

با تأسف و تأثر خبر درگذشت عالم و متفکّر برجسته جناب آقای محمدرضا حکیمی قدّس‌الله‌نفسه را دریافت کردم. ایشان دانشمندی جامع، و ادیبی چیره‌دست، و اندیشه‌ورزی نوآور، و اسلام‌شناسی عدالتخواه بودند. ایشان عمر را فارغ از آرایه‌ها و پیرایه‌های مادی، در خدمت معارف والای قرآن و سنّت گذرانده و آثاری ارزشمند از خود به جا نهادند. بهره‌گیری از محضر پر فیض و نفس گرمِ استادان معرفت و معنویت در مشهد مقدس، ذخیره‌ئی از توکل و تعبّد و غنای نفس در دل و جان این شخصیت عزیز به جا نهاده بود که تا آخر عمر با برکتش وی را استوار میداشت. این‌جانب فقدان اندوهبار این رفیق دیرین را به خاندان مکرّم حکیمی و بازماندگان بویژه برادر بزرگوار ایشان و نیز به همه‌ی دوستان و علاقمندان آن مرحوم تسلیت عرض میکنم و رحمت و مغفرت الهی را برای وی مسألت مینمایم.

سیّدعلی خامنه‌ای ۱ شهریور ۱۴۰۰